Смешанные случаи:

Более чем - запятая перед чем не ставится. Цена более чем наполовину состоит из...

Тем более что - запятая стоит перед всем союзом, что - не отделяется.

В конце концов - не обособляется в значениии под конец, в итоге (после чего-то долго длившегося); обособляется как вводное слово, обозначающее недовольство, нетерпение

В том числе - обособляется как присоединительный оборот, начинающийся или заканчивающийся этим выражением

В принципе - обособляется как вводное слово в значении: словом, короче говоря - Он, в принципе, человек хороший; не обособляется как обстоятельство в значении в основном, в целом, принципиально

Однако - обособляется, если стоит в середине или в конце предложения; в начале предложения (или части сложного предложения), или как связка однородных членов - имеет значение противительного союза и не является вводным, т.е. не обособляется.
Не надеялись встретиться, однако встретились.
Исключение - междометия: Однако, какой ветер!

Таким образом - обособляется в значении: итак, следовательно, другими словами, значит
Не обособляется в значении - так, таким способом

По крайней мере - обособляется как вводное, если расположено после слов, с которыми связано.
Во мне, по крайней мере, не зависть кипела.
Перед соотносящимися по смыслу словами - не обособляется.
На нем появились краски, что-то вроде отваги или по крайней мере самоуверенности.

Правда - обособляется в значении однако, тем не менее, все же - как вводное слово. в других случаях - не обособляется.

Значит - если употребляется:
- как связка (как это есть) - перед ним ставится тире. Понять - значит простить
- как союз (и поэтому, следовательно) - запятая перед союзом: Тучи собираются, значит будет дождь.
- как вводное слово обособляется: Значит, ты не прав. Село, значит, наше...
- как сказуемое - естественно, не обособляется.

Например -
- между обобщающим словом и однородными членами предложения - перед ним запятая, после - тире. Породы деревьев, например: сосна, дуб...
- выделяется вместе с оборотом: В городах, например в Москве, ...
- обособляется как вводное слово - Поспорить, например, о том....

Наконец
- обособляется как вводное слово, выражающее недовольство, нетерпение говорящего, усиление, подчеркивание: Когда же, наконец, откроется?!; когда указывает на связь мыслей, порядок (в значении "и еще") Был слесарем, токарем и, наконец, ученым.
- не обособляется в значении под конец, напоследок, в результате всего: Давал три бала ежегодно и промотался наконец. Проверяется: если легко добавить частицу -то

В свою очередь - не обособляется, если употребляется как наречное выражение в значении «со своей стороны, в ответ, когда наступила очередь»: Ася вопросительно посмотрела на меня. Я в свою очередь протянул ей руку...
Обособляется, если слова в свою очередь выступают в роли вводного выражения, указывающего на то, что данное высказывание связано по смыслу с предшествующим: В центре было круглое белое здание, окруженное широким черным кольцом. Черное кольцо, в свою очередь, было опоясано золотисто-желтым кольцом...

НЕ обособляются запятой:

В то же время
В крайнем случае
Не то чтобы
Скорее всего
Тем не менее
Тем временем
Вместе с тем
Между тем
Обычно
Подобным образом - если стоит в начале преложения
Главным образом - по воле автора. Обычно не обособляется.
По меньшей мере

Обособляются:

Как всегда
Скорее всего
Судя по всему

--------------------------------------------------------------------------------

Таки - пишется через дефис с предшествующим глаголом или наречием (довольно-таки, прямо-таки)
В словах: все-таки, так-таки
В остальных случах - раздельно (подчеркивание итога деятельности, несогласия)